El desarrollo endógeno se refiere al desarrollo, aunque no exclusivamente, de los recursos localmente disponibles, tales como tierra, agua, vegetación, animales, conocimiento y cultura local, y la forma en que los pueblos se han organizado. El desarrollo endógeno trata de optimizar la dinámica de estos recursos locales, mejorando, así la diversidad cultural, el bienestar humano y la estabilidad ecológica. El proceso de desarrollo endógeno está abierto a la experimentación tanto con conocimientos y prácticas tradicionales y externas, y busca formas de resistir tanto las tendencias de idealizar a las culturas tradicionales, así como de rechazarlas como inferiores. Es una respuesta al proceso actual de modernización global, que, en muchos respectos, está teniendo el efecto opuesto.

Para las organizaciones asociadas a Compas, el desarrollo endógeno implica una reflexión constructiva de sus esfuerzos por involucrar a la población rural en programas de desarrollo, a través de acercamientos participativos. Generalmente estas actividades se han enfocado en los productos del conocimiento indígena para su conservación ex situ en documentos y bibliotecas, en vez de apoyar a la población en la conservación in situ y el desarrollo dinámico del conocimiento y las prácticas tradicionales.